Z pewnością wielu pacjentów, chociażby z ciekawości, będzie chciało skorzystać z ZIP. Nie można wykluczyć, że po uruchomieniu systemu pojawi się wiele pytań (ze strony osób odwiedzających te gabinety dentystyczne, które mają kontrakty z NFZ). Skromny koszyk świadczeń stomatologicznych, obowiązujący w ramach powszechnego ubezpieczenia, nie jest powszechnie znany, zatem duża część leczących się u dentysty osób będzie próbowała sprawdzić, czy aby za wszystkie wystawione rachunki powinni zapłacić z własnej kieszeni. Nie trudno zgadnąć, że pojawią się niejasności. Te pacjenci będą chcieli wyjaśnić przede wszystkim u swojego lekarza dentysty. Można zatem przypuszczać, iż ZIP dla prowadzących gabinety stomatologiczne z kontraktami NFZ oznaczać będzie dodatkowe obciążenie, polegające na tłumaczeniu skomplikowanych zasad realizowania usług w oparciu o rozliczenia z NFZ.

Jest jeszcze jeden problem z ZIP - bezpieczeństwo gromadzonych w systemie danych. Dostęp do informacji odbywać się będzie poprzez internet, a więc powstaje kwestia ochrony wrażliwych danych przed nieuprawnionym dostępem. Generalny Inspektor Ochrony Danych Osobowych zwracał już uwagę na problemy, które niesie ze sobą udostępnianie tego typu informacji w internecie.