Prezydium NRL oprotestowało kilkanaście przepisów szczegółowych. Głos sprzeciwu jest wyraźny: 

- „nie” dla możliwości prowadzenia kontroli w zakresie zasadności wyboru leków, środków spożywczych specjalnego przeznaczenia żywieniowego i wyrobów medycznych stosowanych w profilaktyce, leczeniu, rehabilitacji i badaniach diagnostycznych (wybór stosowanego w terapii leku należy do lekarza i powinien opierać się na aktualnej wiedzy medycznej nieskrępowanej możliwością oceny sposobu leczenia przez kontrolera);

- „nie” dla uprawnienia prezesa NFZ do żądania wyników kontroli przeprowadzonych przez organy kontroli i inspekcji działające w administracji rządowej i samorządzie terytorialnym (problem w tym, że uprawnienie to może dotyczyć nie tylko świadczeniodawców, co do których prowadzona jest przez prezesa NFZ kontrola);

- „nie” dla kontroli pod nieobecność kierownika podmiotu kontrolowanego lub osoby go reprezentującej;

- „nie” dla możliwość badania i oceny wszelkich dokumentów, w tym finansowo-księgowych i osobowych oraz innych nośników informacji związanych z zakresem kontroli (w takich okolicznościach odmowa udostępnienia dokumentacji jako niezwiązanej z zakresem kontroli może być uznana za utrudnianie lub udaremnianie kontroli);

- „nie” dla uprawnienia do badania i oceny dokumentacji medycznej przez osoby nie tylko posiadające dyplomu lekarza lub lekarza dentysty;

- „nie” dla uprawnienia kontrolera do swobodnego poruszania się po terenie podmiotu kontrolowanego (bez względu na wyznaczone strefy zamknięte lub ograniczonego dostępu z uwagi na życie i zdrowie pacjentów);

- „nie” dla obowiązku wykonywania przez podmiot kontrolowany, na żądanie kontrolera, nieodpłatnych zestawień i obliczeń przygotowanych na podstawie dokumentów lub elektronicznych baz danych (to może pozwalać na przerzucanie przez kontrolera na podmiot kontrolowany wykonywania czynności kontrolnych);

- „nie” dla obowiązku przygotowania oddzielnego, zamykanego pomieszczenia na potrzeby przechowywania dokumentacji zabezpieczonej w toku kontroli;

- „nie” dla odstąpienia od konieczności sporządzania protokołu kontroli zawierającego ustalenia faktyczne, co do którego istnieje możliwość wniesienia zastrzeżeń (brak możliwości zgłaszania zastrzeżeń do samych ustaleń kontroli);

„nie” dla możliwości przeprowadzenia kontroli w każdym przypadku bez uprzedniego zawiadomienia (ewentualna kontrola bez uprzedniego zawiadomienia powinna następować na podstawie przedkładanego kontrolowanemu upoważnienia i legitymacji służbowej);

- „nie” dla żądania udostępnienia dokumentacji medycznej w ramach prowadzonej kontroli (udostępnienie dokumentacji medycznej, zawierającej informacje objęte tajemnicą lekarską, może następować jedynie w ramach prowadzonej kontroli, a nie w ramach zgłoszonego poza tym trybem żądania) potwierdzenie udzielania świadczeń opieki zdrowotnej może następować np. poprzez złożenie przez kierownika podmiotu oświadczenia o udzieleniu świadczeń, a nie poprzez udostępnianie dokumentacji medycznej;

- „nie” dla odpowiedzialności karnej osoby zatrudniającej kontrolera w okresie 2 lat od dnia sporządzenia wystąpienia pokontrolnego dotyczącego kontroli w podmiocie zatrudniającym (to kontroler NFZ ma pełną świadomość ograniczeń związanych z wykonywaniem zadań kontrolera i w przypadku ich naruszenia odpowiedzialność karna powinna obejmować byłego kontrolera, a nie jego pracodawcę);

- „nie” dla nakładania kar odnoszących się do kwoty refundacji w przypadkach prowadzenia dokumentacji medycznej w sposób niezgodny z przepisami oraz nieprowadzenia dokumentacji medycznej;

- „nie” dla możliwość nakładania kary umownej do równowartości kwoty refundacji za okres objęty kontrolą.