Projekt rozporządzenia wprowadza model standardu rachunku kosztów mający na celu uporządkowanie ewidencji kosztów w podmiotach leczniczych, nie ingerując jednocześnie w sferę indywidualnych praktyk wynikających ze specyfiki udzielanych świadczeń.

Celem projektu jest usprawnienie procesu taryfikacji, bez narzucania szczegółowych rozwiązań, które ze względu na liczbę docelowych odbiorców charakteryzują się dużą różnorodnością.

Według projektu rozporządzenia świadczeniodawca będzie miał obowiązek rozdzielenia w systemach ewidencyjno-księgowych działalności leczniczej od pozostałej działalności. W zakresie działalności leczniczej rozporządzenie określa sposób ewidencji kosztów według rodzajów oraz alokację kosztów w układzie podmiotowo-funkcjonalnym wraz z kalkulacją kosztów wytworzenia ośrodka powstawania kosztów.

W ramach ewidencji w podziale na grupy zawodowe wskazano 16 składowych wynagrodzenia z tytułu umowy o pracę, umowy zlecenia (w tym w ramach dyżurów oraz dyżurów pod telefonem) oraz umowy o dzieło, wraz ze stosownymi pochodnymi.

Ponadto w procesie wyceny świadczeń pod uwagę brane są koszty osobowe poszczególnych grup personelu, obejmujące wynagrodzenie zasadnicze, dyżury oraz wszelkie inne koszty związane z pracą ludzką. Przy czym nie ma znaczenia, z których przepisów prawa dyżury te wynikają i nie stanowi to przedmiotu analiz.

Zaproponowano również odrębną ewidencję kosztów usług zakupionych przez świadczeniodawcę od podwykonawców wykonujących działalność leczniczą na podstawie umowy cywilnoprawnej zawartej z osobą wykonującą zawód medyczny w ramach własnej działalności gospodarczej.

Wybrane grupy kosztów ewidencjonuje się w podziale na koszty stanowiące koszty uzyskania przychodów i koszty niestanowiące kosztów uzyskania przychodów, z możliwością rozszerzenia takiej ewidencji na wszystkie konta rodzajowe na dalszych poziomach analityki. 

Wydzielono konta związane z refakturowaniem, które oznacza odsprzedaż usług po tej samej cenie, bez doliczania marży i prowizji. 

Te zapisy mają charakter porządkujący, a informacje w tym zakresie będą uwzględniane przy kalkulacji kosztów świadczeń opieki zdrowotnej w procesie ustalania taryf w celu zapewnienia taryfikacji  rzeczywistych kosztów ponoszonych przez świadczeniodawców, związanych z udzielaniem świadczeń opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych.

Zmianie ulegają także zakresy; zasad tworzenia oraz przypisywania kodów funkcji i specjalności w ośrodku powstawania kosztów, stosowania rozdzielników kosztów wspólnych oraz kluczy podziałowych; ustalania sposobu wyceny procedur, ewidencji kosztów zarządu i kosztów ogólnozakładowych.