Minister finansów stwierdził, że zwolnienie z VAT nie przysługuje, gdyż przeprowadzone badania stomatologiczne nie służyły bezpośrednio profilaktyce, jak również zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu lub poprawie zdrowia konkretnych pacjentów.

W ocenie ministra finansów rzeczywistym i bezpośrednim celem badań stomatologicznych, w skład których wchodziły badania epidemiologiczne i socjotechniczne, było oprócz wypracowania określonych postaw zdrowotnych wśród osób przebadanych (oraz ich opiekunów prawnych), również stworzenie materiałów edukacyjnych z zakresu promocji zdrowia. Byłyby one kierowane do nieograniczonej liczby adresatów. Zatem przeprowadzone badania miały również cel edukacyjny, a nie służyły bezpośrednio profilaktyce.

MF uznało, że czynności zrealizowane w ramach zawartej umowy stanowią wprawdzie usługi medyczne, jednakże nie mają na celu profilaktyki, zachowania, ratowania, przywracania i poprawy zdrowia. Z uwagi zatem na niespełnienie wszystkich przesłanek w odniesieniu do prowadzonych badań stomatologicznych, nie można korzystać ze zwolnienia od podatku VAT.

Stanowisko to podtrzymał Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, który uznał, że zabiegi i badania lekarskie, podjęte w celu innym niż ochrona (w tym przywrócenie) zdrowia ludzkiego nie mogą korzystać ze zwolnienia. To właśnie cel - w jakim podjęte zostały zabiegi i badania lekarskie - decydować będzie o zakresie zwolnienia podatkowego. Jeśli zatem z okoliczności, w których dany zabieg, bądź badanie lekarskie, zostało podjęte wynika, że miało ono inny cel niż ochrona (przywrócenie) zdrowia ludzkiego. Działanie było związane raczej z dostarczeniem opinii mającej znaczenie prawne. W takim przypadku zwolnienie nie będzie przysługiwać.

Sporządzenie opinii lekarskiej (zarówno na podstawie przeprowadzonych badań, jak i na podstawie historii choroby pacjenta), chociaż wymaga wiedzy lekarskiej, nie jest działaniem ukierunkowanym na ochronę zdrowia osoby, której opinia dotyczy. Jest to czynność wymagana do podjęcia działań mającego skutki prawne. Owszem - opinia taka przynieść może wnioski mające znaczenie dla zdrowia osoby, której raport dotyczy (wykrycie nowych schorzeń, korekta wcześniejszych diagnoz). Nie jest to jednak podstawowym celem działań, a jeśli tak to działania takie nie mogą być objęte zwolnieniem podatkowym.

Z kolei kwalifikacja czynności polegających na wydawaniu zaświadczeń o stanie zdrowia zależy od okoliczności, w jakich te zaświadczenia są wydawane. Jeśli są one związane z celem ochrony zdrowia, ich wydawanie może korzystać ze zwolnienia podatkowego. Jeśli zaświadczenie są wydawane na potrzeby podjęcia rozstrzygnięcia mającego znaczenie prawne i ich celem nie jest ochrona zdrowia, wówczas nie można ich objąć zwolnieniem podatkowym. Sam fakt, iż usługi są świadczone przez lekarzy przy użyciu ich wiedzy medycznej, nie jest wystarczającą przesłanką do zastosowania zwolnienia.