Niebagatelny VAT zapłacony w ramach inwestycji towarzyszących uruchomieniu lub remontowi gabinetu stomatologicznego nie podlega odliczeniu. Chyba, że gabinet stomatologiczny będzie świadczył usługi stomatologiczne obciążone VAT. Tak się dzieje, o ile zabiegi realizowane są ze względów estetycznych (podstawowa stawka VAT), a nie zdrowotnych (zwolnienie z VAT). 

Co zatem, gdy realizowane będą dwa rodzaje usług. Wówczas to zapłacony VAT będzie rozliczany proporcjonalnie do przychodu wynikającego z rachunków, na których uwidoczniony został VAT. Tę część podatku, która przypada na usługi obciążone VAT można odliczyć
Oczywiście tak jest tylko wówczas, gdy właściciel gabinetu stomatologicznego jest czynnym podatnikiem VAT.
W przypadku zrealizowania inwestycji cały zapłacony VAT, mający pokrycie w wystawionych fakturach VAT na stomatologiczne usługi natury estetycznej, można odliczyć.

Podobną sytuację miała jedna z gmin realizująca zadanie inwestycyjne „Modernizacja budynku Gminnego Ośrodka Zdrowia w K.". Inwestycja miała na celu zapewnienie mieszkańcom gminy świadczenia profesjonalnych usług medycznych poprzez poprawę i rozbudowę infrastruktury ochrony zdrowia (m.in. uruchomienie gabinetu stomatologicznego).
W ramach inwestycji dokonano:
- przebudowy konstrukcji dachu;
- ocieplenia ścian zewnętrznych oraz stropodachu;
- wymiany stolarki okiennej i drzwiowej;
- przyłącza kanalizacji deszczowej, wewnętrznych instalacji wodno- kanalizacyjnych oraz centralnego ogrzewania;
- wymiany instalacji elektrycznej.

Zdaniem Gminy, zakończona inwestycja będzie wykorzystywana po części do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem VAT, dlatego też gminie będzie przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie nie zgodził się z taką interpretacją prawa. Odliczyć można w całości podatek naliczony, który jest związany z transakcjami opodatkowanymi podatnika. Wskazana zasada wyłącza tym samym możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku oraz niepodlegających temu podatkowi. Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających temu podatkowi.

Sygnatura: IPPP1/443-391/12-2/AW