Aplikacje składa się wyłącznie elektronicznie. Wniosek ten należy po wypełnieniu pobrać w postaci pliku w formacie PDF i wydrukować.
Po wydrukowaniu - podpisać i złożyć, wraz z innymi wymaganymi dokumentami, we właściwym ośrodku wojewódzkim (wojewódzkie centra zdrowia publicznego), lub szefa jednostki realizującej zadania z zakresu spraw podmiotów leczniczych obsługujących resorty MON i MSW.

Każdy przyjęty wniosek otrzymuje unikalny numer identyfikacyjny, który zdający Państwowy Egzamin Specjalizacyjny musi zapisać (ewentualnie zapamiętać). Tylko dzięki znajomości takiego numeru możliwe będzie (w razie konieczności) ponowne pobranie pliku pdf.

Wszyscy lekarze dentyści dopuszczeni do egzaminu przez Komisję Egzaminacyjną zostaną powiadomieni przez CEM listownie o dacie i miejscu poszczególnych egzaminów na 14 dni przed egzaminem. Wykaz terminów jest na bieżąco uaktualniany po zaakceptowaniu daty egzaminu przez konsultanta krajowego oraz dyrektora CEM.

Opisana procedura dotyczy jednak tylko tych lekarzy, którzy występują o dopuszczenie do egzaminu po raz pierwszy. W przypadku zaś lekarzy, którzy byli już dopuszczeni do PES i:

- go nie zdali

- nie przystąpili do egzaminu

- nie zdali jego części

- nie podeszli do części egzaminu

konieczne jest jedynie elektroniczne wypełnienie wniosku, jego wydrukowanie i przesłanie do CEM. Nie ma więc potrzeby ponownego składania dokumentów do wojewody (ośrodka wojewódzkiego) albo ministrów MON lub MSW.
Po wpłynięciu wniosku CEM zawiadomi te podmioty o zgłoszeniu lekarza (dopuszczenie do egzaminu jest tylko jednorazowe, za pierwszym razem).

Zgłaszając się po raz czwarty lub kolejny do PES trzeba wnieść opłatę egzaminacyjną w wysokości 700 zł.
Wpłat należy dokonywać na rachunek CEM 31 1010 0068 7900 2012 0001 0004 w NBP podając w tytule wpłaty: imię i nazwisko osoby zdającej, "PES" oraz nazwę specjalności.