Stomatologia kieruje się regułami, które uniemożliwiają bezpośrednie zastosowanie dotychczas wypracowanych schematów analiz. Chodzi głównie o niski odsetek osób korzystających ze świadczeń refundowanych, który jest trudny do precyzyjnego ustalenia (szacunki podają od 11,5 do 16,3 proc. uprawnionych świadczeniobiorców).

Ponadto ocena udziału wydatków publicznych w finansowaniu świadczeń stomatologicznych przez NFZ wyraźnie wskazuje, iż odsetek ten jest na tyle niski, że w istotnym stopniu utrudnia badanie całej populacji. Według danych Narodowego Rachunku Zdrowia w latach 2008 – 2012 środki publiczne stanowiły zaledwie około 14,9 - 16,3 procent wszystkich wydatków w zakresie usług stomatologicznych, natomiast z innych publikacji wynika, iż w 2014 roku udział środków publicznych był wyższy i wynosił 21 procent, przy czym jednocześnie prognozowany był spadek tego udziału do 14 procent w roku 2020. 

Analitycy wskazują także na brak lecznictwa zamkniętego w stomatologii - praktycznie wszystkie usługi w obszarze leczenia chorób jamy ustnej i stomatologii realizowane są w warunkach ambulatoryjnych – wyjątkiem są świadczenia stomatologiczne udzielane w znieczuleniu ogólnym, które stanowią nieznaczny odsetek.

Natomiast świadczenia z zakresu chirurgii szczękowo-twarzowej wymagają odrębnej analizy ze względu na specyfikę, jaką jest wąska, lokowana głównie w klinikach uniwersyteckich, specjalność z pogranicza stomatologii i medycyny, która nie jest specjalnością stricte stomatologiczną.

Kolejnym problemem statystycznym jest przeplatanie się usług podstawowej opieki stomatologicznej oraz usług specjalistycznych w jednym podmiocie leczniczym, co z jednej strony skutkuje brakiem możliwości jednoznacznego wyodrębnienia poradni POZ i AOS w stomatologii, natomiast z drugiej strony uniemożliwia zidentyfikowanie profilu świadczonych usług (podstawowe czy specjalistyczne) przez dany podmiot leczniczy po kodach resortowych poradni (poradnia stomatologiczna o kodzie resortowym 1800 może udzielać zarówno świadczeń ogólnostomatologicznych, czyli podstawowych, jak i specjalistycznych, w zależności od zakresu świadczeń posiadanego kontraktu z publicznym płatnikiem).

Analogicznie poradnia chirurgii stomatologicznej 1840 może udzielać zarówno świadczeń specjalistycznych w zakresie świadczeń chirurgii stomatologicznej i periodontologii, jak i świadczeń podstawowych w zakresie świadczeń ogólnostomatologicznych, jeżeli takie zostały zakontraktowane przez publicznego płatnika dla tej poradni.

To samo dotyczy poradni stomatologii zachowawczej 1804, poradni chorób błony śluzowej i przyzębia 1810, poradni ortodontycznej 1820 oraz poradni protetyki stomatologicznej 1830, ponieważ zakres udzielanych świadczeń zależy wyłącznie od zakresu świadczeń zakontraktowanych z publicznym płatnikiem (NFZ) dla danej poradni.